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轉關運輸是指海關為加速口岸進出口貨物的疏運，方便收、發貨人辦理海關手續，依照有關法規規定，允許海關監管貨物由關境內一設關地點轉運到另一設關地點辦理進出口海關手續的行為。
轉關運輸貨物的通關程序如下：
1.進口轉關運輸貨物。
(1)進口貨物的收貨人或其代理人應自運輸工具申報進境之日起14日內，向進境地海關申報轉關運輸。
(2)申報貨物轉關運輸時，進口貨物的收貨人或代理人應填制中華人民共和國海關進口轉關運輸貨物申報單(以下簡稱“申報單”)，并交數據錄入中心錄入海關計算機報關自動化系統，打印成正式的申報單一式三份。
(3)進口貨物收貨人或其代理人應如實向海關申報，并遞交申報單、指運地海關簽發的進口轉關運輸貨物聯系單、隨附有關批準證件和貨運、商業單證(如貨物的提單或運單、發票、裝箱單等)。
(4)進口貨物收貨人或代理人申請辦理屬于申領進口許可證的轉關運輸貨物，應事先向指運地海關交驗進口許可證，經審核后由指運地海關核發進口轉關運輸貨物聯系單，并封交申請人帶交進境地海關。
5)進境地海關在接受進口貨物收貨人或代理人申報遞交的有關單證后，要進行核對，核準后，要將上述有關單證制作關封，交進口貨物的收貨人或其代理人。
(6)進口貨物的收貨人或其代理人要按海關指定的路線負責將進口貨物在規定的時限內運到指運地海關，向指運地海關交驗進境地海關簽發的關封，并應在貨物運至指運地海關之日起14日內向指運地海關辦理報關、納稅手續。
(7)指運地海關在辦理了轉關運輸貨物的進口手續后，按規定向進境地海關退寄回執，以示進口轉關運輸貨物監管工作的完結。
(8)來往港澳進境車輛裝載的轉關運輸貨物，由車輛駕駛人員向進境地海關交驗載貨清單一式三份，并隨附有關貨運、商業單證，進境地海關審核后制作關封交申請人帶交出境地海關，由出境地海關負責辦理該車輛及所載貨物的監管手續。
(9)保稅倉庫之間的貨物轉關手續，除應按辦理正常的貨物進出保稅倉庫的手續外，亦按上述(1)— (7)的程序辦理手續。但在填報申報單時，在“指運地”一欄應填寫貨物將要存入的保稅倉庫名稱。
2、出口轉關運輸貨物。
(1)出口貨物的發貨人或其代理人應向啟運地海關申報出口轉關運輸貨物。
(2)出口貨物的發貨人或其代理人在申報前應填制中華人民共和國海關出口轉關運輸貨物申報單(以下簡稱“轉關運輸申報單”)、中華人民共和國海關出口貨物報關單(以下簡稱“出口貨物報關單”)，交啟運地數據錄入海關計算機報關自動化系統，并打印成正式的轉關運輸申報單和出口貨物報關單，各一式三份。
(3)出口貨物的發貨人或其代理人應持轉關運輸申報單、出口貨物報關單及隨附有關貨運、商業單證，向啟運地海關辦理報關、納稅手續。
(4)啟運地海關在辦理出口貨物的報關、納稅手續后，簽發出口轉關貨物聯系單，并將上述有關單證制作關封，交申請人帶交出境地海關。
(5)出境地海關在貨物出口后按規定向啟運地海關退寄回執，以示出口轉關運輸貨物監管工作的完結。
(6)來往港澳的出境車輛裝載的出口轉關運輸貨物，由車輛駕駛人員向啟運地海關交驗出口貨物報關單或載貨清單一式三份，并隨附有關貨運、商業單證，啟運地海關審核后制作關封交申請人帶交出境地海關，由出境地海關負責辦理該車輛及其所載貨物的監管手續。